V roce 2009 celkové plánované náklady na naplnění požadavků na čištění městských odpadních vod činily cca. 41,4 mld. Kč. V roce 2010 jsou tyto náklady odhadovány na 34,1 mld. Kč. Tento pokles je zapříčiněn dokončením realizace některých opatření a zpřesněním odhadu nákladů jednotlivých investorů. Počet aglomerací, které je možné považovat za vyřešené, stoupl od minulého šetření o 73.
Dotazování a zjišťování aktuálního stavu zahájí Evropská komise příští rok, materiál ministerstva zemědělství byl vypracován na základě šetření z počátku tohoto roku, je tedy možná ještě určitá korekce údajů.
Ministerstvo zemědělství eviduje 11 problematických aglomerací, ve kterých podle zjištění není v současnosti zajištěná dostatečná investorská příprava, tj. na akci není vydáno územní rozhodnutí a není požádáno o dotaci. Uvedených 11 aglomerací vytváří odpady odpovídající 0,6 % z cca 9,8 mil. tzv. ekvivalentních obyvatel v ČR, kterých se týká povinnost zajistit odkanalizování a čištění odpadních vod do konce roku 2010. Ekvivalentní obyvatel je veličina užívaná pro stanovení míry produkovaného odpadu. Ve většině těchto aglomeracích již existuje určitý stupeň likvidace odpadních vod, tzn. nejedná se v žádném případě o živelné vypouštění všech produkovaných odpadní vody do životního prostředí.
Počet aglomerací, kde se předpokládá zahájení realizace nejpozději do konce roku 2010, je 146 s odhadovanými náklady 24,4 mld. Kč. Další aglomerace nestihnou zahájit stavební práce do konce roku 2010, ale mají vyřešeno financování i projektovou přípravu.
Rozhodující část financí na dokončení čistíren by měla být pokryta z operačního programu Životní prostředí. Další možností jsou dotace z ministerstva zemědělství, které vyžadují minimálně dvacetiprocentní spoluúčast.