Ustanovení § 104 odst. 9 vodního zákona má hmotněprávní povahu a vymezuje případy, kdy je nutné jako podklad pro rozhodnutí nebo jiný úkon (např. ohlášení) závazné stanovisko vodoprávního úřadu. Jedná se o ta správní řízení, jimiž mohou být dotčeny zájmy vodního zákona vedená podle zákona o ochraně přírody a krajiny, horního zákona a zákona o hornické činnosti a dále při postupu podle stavebního zákona při umisťování, povolování, užívání a odstraňování staveb. Jedná se o nově zavedenou působnost vodoprávních úřadů jako dotčených orgánů státní správy [§ 149 odst. 1 ve spojení s § 136 odst. 1 písm. a) zákona č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění pozdějších předpisů]. K vydání závazného stanoviska je příslušný obecní úřad obce s rozšířenou působností, pokud se nejedná o věc týkajících se působnosti krajských úřadů [§ 106 odst. 1 a § 107 odst. 2].
Nezbytnost závazného stanoviska vodoprávního úřadu ve smyslu § 104 odst. 9 ve věcech podle zákona o hornické činnosti a stavebního zákona je taxativně vymezena v § 17. Dotčení zájmů vodního zákona ve smyslu § 104 odst. 9 se tedy bude hodnotit pouze v případech správních řízení vedených podle zákona o ochraně přírody a krajiny a horního zákona, jelikož případy postupu podle zákona o hornické činnosti a stavebního zákona jsou uvedeny v § 17. Nemělo by tak tedy nastávat situace, kdy by vodoprávní úřad vydával závazné stanovisko k územnímu řízení o umístění stavby vodního díla nebo kdy by se vodoprávní úřad vyjadřoval formou závazného stanoviska jak k umístění stavby vodního díla, tak v rámci jeho povolení.
Ohledně § 17 lze dále uvést, že pokud je souhlas závazným stanoviskem, přistupuje se k němu v souladu s § 149 správního řádu. V případě, kdy je úkon podle § 17 posledním úkonem v řízení, nevydává vodoprávní úřad závazné stanovisko (není v podstatě k čemu), ale vydává souhlas rozhodnutím. Rozhodnutí v případě § 17 může vodoprávní úřad vydat též vždy, kdy si není o povaze úkonu jist, tedy zdali se jedná o závazné stanovisko či rozhodnutí). Postupem podle zákona o integrované prevenci je souhlas nahrazen pouze v případě, kdy se jedná o rozhodnutí (§ 126 odst. 5), závazné stanovisko nikoliv.
Závazná stanoviska si budou muset obstarat orgány, jež příslušné řízení povedou, jelikož takovou povinnost zákon účastníkovi neukládá (§ 6 odst. 2 správního řádu).
Ustanovení § 104 odst. 9 (stejně tak forma závazného stanoviska podle § 17) se použije na řízení a postupy podle uvedených předpisů zahájená po účinnosti novely vodního zákona č. 150/2010 Sb.